小学生にローマ字はどの表記法で教えたほうがいいか？
小学生にローマ字を指導する場合は、ヘボン式に適宜パソコン入力式を取り入れた指導が合理的ではないかと考えます。
ただし学校現場では学習指導要領の関係から訓令式が優先されているため、子供にその意図や背景を理解してもらう必要があるでしょう。
解説
訓令式とヘボン式
訓令式とは、例えば「し」を「si」と表記するなど５０音表の規則性を重視した表記法です。
これに対しヘボン式とは、「し」を「shi」と表記するなど英語圏の人が音を理解しやすい表記法です。
文部科学省の学習指導要領によると、小学校のローマ字指導は訓令式を用いながら適宜ヘボン式を取り入れる形になっています。
つまり学校現場では訓令式の指導が優先されています。
現代のローマ字表記
しかしながら現代のローマ字表記（街中の看板や標識など）はヘボン式が一般的です。
先述の通りヘボン式は訓令式と比べると規則性が乏しく例外的な表記が多いですが、実生活ではヘボン式を扱えるほうが実用的でしょう。
ヘボン式の例外的な表記は、音声学に基づいて日本語の音をアルファベットで表しているからです。
例えば日本語の「ち」の音は、「ti」ではなく「chi」という表記が近いです。
小学生にとって例外表記が多いヘボン式は（特に習い始めは）ハードルが高いかもしれません。
しかし英語圏の発音や音声学を踏まえた「暗記ではない学習」を丁寧に行うことは大切でしょう。
タブレットやパソコン入力を踏まえて
また、近年はキーボード入力の学習も欠かせないでしょうから、パソコン入力におけるローマ字も合わせて指導することが望ましいでしょう。
具体的には「ん」は「nn」と打つ、「し」は「shi」だが「si」とすればより効率よく打てるなどです。
参考資料
学習指導要領「生きる力」『ローマ字に関する事項が第4学年から第3学年に移動している趣旨とその指導に当たっての留意事項について，教えてください。』（文部科学省）2024年6月8日閲覧
長岡由記（2022）『小学校国語科におけるローマ字学習の意義と課題についての検討』（全国大学国語教育学会）2024年6月8日閲覧
『【学生向け】日本語のローマ字表記の推奨形式』（東京大学）2024年6月8日閲覧
堀由紀・アシュール真弓・拝田清（2022）『小学校におけるローマ字指導の現状と課題― 英語科と国語科の連携を視野に入れて ―』（和洋女子大学）2024年6月8日閲覧
